2006年1月25日下午，宜万铁路工地透水抢险指挥部及专家组分析隧道内的形势认为：鉴于马鹿箐隧道内积水时间已超过100小时，11名被困人员已无生存可能。铁道部和湖北省组成的宜万铁路工地透水抢险指挥部决定立即启动善后工作预案。

　　24日隧道再次发生的透水，致使解救仍被困于宜万铁路马鹿箐隧道里的11名人员的救援行动陷入困境，抽水工作暂时中断。当天10时，按抢险指挥部和专家组意见，现场抢险组开始用水泵试排水，隧道正洞启用3台抽水机、平导洞启动2台抽水机。15时许，隧道里的积水面水位退缩50米后，按方案暂停排水，专家组和指挥部人员共同进行了实地勘测。

　　专家经过实地勘测后分析认为，由于隧道内水文地质十分复杂，随时有可能发生突发情况危及抢险人员的生命安全。抢险指挥部决定，在确保抢险人员生命安全的前提下保持常规抽水，并对马鹿箐隧道工地的水体和所在山体进行严密观测。

　　利川市政府开始制定事故现场附近村民遇紧急情况下的撤离预案。